Die gebürtige Salzburgerin hat an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien Musiktheaterregie studiert. Nach Festengagements als Regieassistentin und Abendspielleiterin am Landestheater Linz und an der Oper Stuttgart ist sie seit 2015 als freischaffende Musiktheaterregisseurin tätig. Sie lebt in Berlin. Zu ihren jüngsten Arbeiten zählen die Uraufführung von Karola Obermüllers Gerade sein und Mensch werden: Sophie Scholl am Theater Heidelberg, die Uraufführung von Outi Tarkiainens A room of one's own am Theater Hagen, Wagners Der fliegende Holländer beim Opernfestival in Plovdiv/ Bulgarien und Verdis La traviata an der Nationaloper Tirana und dem Volkstheater Rostock. Die Fachzeitschrift Opernwelt hat ihre Inszenierung von Simon Boccanegra am Theater Hagen als „eine der besten Verdi-Inszenierungen der letzten Jahre in Deutschland“ gewürdigt und sie dafür 2019 in der Rubrik „Nachwuchskünstlerin des Jahres“ nominiert. 2023 gibt Magdalena Fuchsberger mit Francis Poulencs Dialogues des Carmélites ihr Regiedebüt an der Wiener Staatsoper.